Food-Info.net> Keamanan Pangan > Virus

Pengenalan mengenai klasifikasi dan replikasi virus

Klasifikasi

Klasifikasi virus bermanfaat untuk membuat dugaan mengenai detail replikasi virus, mekanisme timbulnya penyakit (patogenesis), dan cara penularan. Klasifikasi menjadi sangat penting apabila ditemukan virus baru. Dengan adanya klasifikasi, penelitian terhadap virus yang baru ditemukan dari famili atau genus yang sudah dikenal, dapat diarahkan sesuai dengan informasi yang sudah ada mengenai anggota-anggota lain dari kelompok tersebut.

Tanpa klasifikasi, setiap virus yang baru ditemukan menjadi seperti kotak hitam. Tidak ada asumsi yang dapat dibuat, dan semua data harus ditemukan berulang kali. Berdasarkan berbagai alasan di atas, pengembangan sistem klasifikasi sangat penting dan tidak terelakkan.

Sistem klasifikasi yang ada sekarang memungkinkan sebagian besar virus yang baru ditemukan digolongkan ke dalam kelompok yang sudah ada. Bahkan dalam kasus-kasus tertentu, banyak sifat biologis virus baru tersebut yang sudah dapat diperkirakan. Dalam kasus yang lebih sulit, klasifikasi dapat membantu menentukan arah penelitian terhadap virus baru tersebut. Pada masa kini, jarang sekali ditemukan virus yang tidak dapat digolongkan ke dalam sistem klasifikasi yang sudah ada, sehingga kita dapat cukup yakin bahwa sebagian besar kelompok virus yang menginfeksi manusia dan hewan peliharaan telah diidentifikasi. Dengan demikian, jelas bahwa klasifikasi virus sangat bermanfaat.

Bagaimana virus diklasifikasikan?

Tingkat klasifikasi virus:

ordo - famili - subfamili - genus - species - strain/tipe

Untuk saat ini, klasifikasi virus yang penting hanya dari tingkat famili ke bawah. Semua famili virus memiliki akhiran – viridae , misalnya

• Poxviridae
• Herpesviridae
• Parvoviridae
• Retroviridae

Anggota-anggota famili Picornaviridae umumnya ditularkan melalui jalur faecal/oral dan melalui udara.

Genus memiliki nama dengan akhiran - virus . Misalnya, famili Picornaviridae terdiri dari 5 genus:

• Genus Enterovirus misalnya poliovirus 1, 2, 3
• Genus Cardiovirus misalnya mengovirus
• Genus Rhinovirus misalnya Rhinovirus 1a
• Genus Apthovirus misalnya FMDV-C
• Genus Hepatovirus misalnya virus Hepatitits A

Definisi `spesies' merupakan hal yang paling penting, namun sulit dilakukan untuk virus. Penentuan spesies virus mengandung unsur subyektif. Sebagai contoh, genus Lentivirus terdiri dari banyak spesies yang berbeda, termasuk:

• HIV-1, Human Immunodeficiency Virus 1
• HIV-2, Human Immunodeficiency Virus 2
• SIV, Simian Immunodeficiency Virus
• FIV, Feline Immunodeficiency Virus
• BIV, Bovine Immunodeficiency Virus
• Visna (domba)
• EIAV (kuda)
• CAEV (kambing)

Ada juga virus yang cirri-cirinya berada di antara dua spesies yang telah dikenal. Apakah virus-virus yang demikian merupakan spesies lain atau termasuk dalam spesies yang telah dikenal? Variasi yang demikian umumnya dimiliki oleh virus dengan genom RNA, dan sangat menyulitkan klasifikasinya.

Dasar-dasar klasifikasi secara taksonomi.

Ciri khas seperti morfologi (ukuran, bentuk, ada tidaknya selubung), sifat-sifat fisika-kimia (berat molekul, densitas, pH, stabilitas terhadap temperatur dan konsentrasi ion), genom (RNA, DNA, urutan materi genetik yang tersegmentasi ( segmented sequence ), pemetaan posisi restriksi ( restriction map ), modifikasi, dsb.), makromolekul (komposisi dan fungsi protein), sifat-sifat antigenik, sifat-sifat biologis (organisme apa saja yang menjadi inangnya, cara penularan, cara perpindahan, dsb.), semuanya dipertimbangkan dalam menentukan klasifikasi virus.

Klasifikasi Baltimore

Cara replikasi virus tergantung pada sifat genomnya. Virus dapat diklasifikasikan ke dalam tujuh kelompok (yang tidak spesifik):

Replikasi

Agar suatu virus dapat memperbanyak diri, virus tersebut harus menginfeksi sel hidup. Sel yang dapat diinfeksi oleh suatu virus terbatas hanya pada hewan tertentu dan tipe sel tertentu, yang memungkinkan virus tersebut berkembang biak. Virus harus membuat protein dengan 3 set fungsi.- memastikan proses replikasi genomnya terjadi – mengemas genom ke dalam partikel virus – mengubah metabolisme sel yang terinfeksi sehingga sel tersebut memproduksi virus.

Gambar ini sebenarnya menunjukkan replikasi retrovirus, HIV-1. Langkah-langkah utamanya berlaku umum untuk semua virus walaupun detail persisnya dapat bervariasi untuk virus yang berbeda.

Fase inisiasi:

• Virus menempel pada membran sel (attachment)
• Virus masuk ke dalam sel (penetration)
• Selubung virus terbuka (uncoating)

Materi genetik virus dimasukkan ke dalam sel, seringkali disertai dengan kofaktor esensial protein virus.

Fase replikasi:

• Sintesis DNA
• Sintesis RNA
• Sintesis protein

Ukuran genom, komposisi dan susunan virus sangat bervariasi (lihat klasifikasi Baltimore di atas). Untuk beberapa virus, enzim-enzim sel inang yang mereplikasi genom virus, dibantu oleh protein virus, misalnya pada parvovirus. Pada kebanyakan virus, berlaku sebaliknya, protein viruslah yang melakukan replikasi genom walaupun untuk aktivitas ini mereka menggunakan protein sel inangnya.

Fase pelepasan (release):

• Perakitan virus (assembly)
• Pendewasaan virus (maturation)
• Keluarnya virus dari sel (exit from cell)

Untuk semua virus, tahap ketiga dan terakhir ini dilakukan oleh protein virus, walaupun protein sel inang dan faktor-faktor lainnya mungkin masih melekat pada partikel virus. Rasio partikel/infektivitas picornavirus sangat rendah, yakni 0.1%, yaitu hanya 1 di antara 1000 partikel virus yang dapat menginfeksi. Suatu virus dapat cacat karena banyak fac=ktor tetapi hal ini menyulitkan penelitian mengenai replikasinya.

Bacaan lain mengenai virus : http://www.virology.net/