La fermentación es un término confuso en el café con dos significados principales:
En el método húmedo de procesamiento de café, la fermentación es un proceso en el cual la pulpa pegajosa se separa de la piel de las semillas o granos del café a través de la acción de las enzimas naturales durante en tiempo que los granos permanecen en tanques. Si se añade agua a los tanques, el proceso es llamado fermentación húmeda, si no se añade agua es llamado fermentación seca.
En evaluación sensorial, o cata (cupping) de café, la fermentación es un descriptor importante para un rango de sabores relacionados con defectos dejados en el café cuando los azúcares en el fruto del café empiezan a fermentarse (a través de microorganismos). Las sensaciones descritas como fermentadas pueden variar desde dulce, sabor como a estiércol, sabor a fruta madura o mohoso, rancio o sabor a medicina.